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1999年 8月 結合化學工程系(含碩士班)、材料及資源工程系(含碩士班)、土木工程系、紡織工程系、土木與防災研究所、有機高分子研究所等四系四所教學單位成立工程學院，由已故 黃正義教授榮任本院首任院長 2000年 8月 增設環境規劃與管理研究所，成立「水環境研究中心」 |
黃正義院長
院務特助陳孝行老師
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2001年 9月 已故 黃正義教授因病辭兼院長，由 章裕民教授代理本院院長，同年成立工程科技研究所博士班
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章裕民代理院長
院務特助陳孝行老師
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2002年 3月
化工系黃進益教授榮任本院第二任院長，同年紡織工程系更名為分子科學與工程系，成立「循環型環境研究中心」
2003年 8月 增設生物科技研究所，成立「奈米光電磁技術研發中心」
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黃進益院長
院務特助陳孝行老師
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2005年 3月
材資系曾俊元教授榮任本院第三任院長
2006年 8月 化學工程系更名為化學工程與生物科技系，同年成立「資源工程研究所」
2007年 6月
材資系曾俊元教授榮升任本校副校長，並代理本院院長
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曾俊元院長
院務特助蔡麗珠老師
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2007年 10月 材資系 王錫福教授榮任本院第四任院長，同年環境規劃與管理研究所更名為環境工程與管理研究所 |
王錫福院長
院務特助黃志宏老師
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2010年 10月 環境所 張添晉教授榮任本院第五任院長 |
張添晉院長
院務特助黃志宏老師
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2016年 8月 化學工程與生物科技系 楊重光教授榮任本院第七任院長 |
楊重光院長
院務特助黃志宏老師
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2018年 8月 土木工程系 宋裕祺教授榮任本院第八任院長 |
宋裕祺院長
院務特助陳映竹老師
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